2021年1月8日同濟(jì)藥學(xué)院吳秀聰團(tuán)隊(duì)在Biological Macromolecules上在線發(fā)表了研究“Molecular dynamics simulation of lentinan and its interaction with the innate receptor dectin- 1”

在這項(xiàng)研究中作者通過Nicoya OpenSPR分子互作儀測定了香菇多糖對dectin-1的親和力，結(jié)合曲線如圖1所示,結(jié)果顯示香菇多糖與dectin-1的結(jié)合常數(shù)Kd為5.08×10?6M。證實(shí)Dectin-1可能是香菇多糖被識(shí)別并發(fā)揮藥理活性的關(guān)鍵蛋白。

圖2 香菇多糖與Dectin-1 的ZDOCK剛性對接結(jié)果

圖3 香菇多糖重復(fù)單元與Dectin-1 的DOCK分子對接結(jié)果

為了進(jìn)一步研究香菇多糖與dectin-1的相互作用，作者對香菇多糖及能量最小化優(yōu)化后的香菇多糖重復(fù)單元分別與dectin-1進(jìn)行分子對接。剛性對接結(jié)果證實(shí)香菇多糖作為一種大分子，可以與蛋白dectin-1表面結(jié)合，如圖2所示。優(yōu)化后的重復(fù)單元有很多可旋轉(zhuǎn)的鍵，靈活性很大，很難綁定到Trp221和His223之間形成的凹槽中，而對于具有三重螺旋結(jié)構(gòu)的大分子香菇多糖來說，側(cè)鏈外露，更容易插入溝槽中,如圖3所示。這也是為什么dectin-1能夠識(shí)別香菇多糖的原因。